La creación del Colegio Alemán Humboldt de Guayaquil se remonta a fines de la década del 50, cuando la profesora alemana Renate Collmann de Lembke regentaba un Kindergarten bilingüe (español-inglés) y que tras la propuesta de Fritz Witte (mentalizador del colegio) se traspasó el bilingüismo a la lengua alemana, emprendiendo así la implantación de un preescolar-primaria, cuyo objetivo sería fomentar el intercambio cultural; el entendimiento y la amistad entre Ecuador y Alemania.

Después del permiso concedido por Alemania al Sr. Witte, tras largas negociaciones en el Ministerio de Relaciones Exteriores que duraron casi dos años, fallece el Sr. Fritz Witte  antes de ver cristalizado el proyecto. Ocupó su puesto el Sr. Claus Riemann, quien junto con Paul Klein y Richard Zeller y el ya nacido grupo de alemanes y ecuatorianos continuó la iniciativa.

En 1964 trasladaron a instalaciones propias construidas en la ciudadela Los Ceibos, lejos de la ciudad de entonces pero con gran posibilidad de crecimiento.

Niños de múltiples procedencias iniciaron su educación desde premisas lúdicas de la enseñanza: el juego como camino de formación, el canto como lenguaje complementario, a ratos fundamental del aprendizaje, el juguete didáctico (el títere Kasperle, fue el compañero de generaciones de niños) como material para que las manos y la imaginación cobren destrezas.

La educación que imparte el Plantel fue respondiendo siempre al desafío de los tiempos y sus instalaciones se fueron ajustando a la evolución de sus currículos.

En 1972, con el impulso del Dr. Ernst Seebas, director general de ese entonces, se crea el programa de becas del Colegio Alemán Humboldt que permite a familias de menos recursos acceder a una educación de calidad para sus hijos. El programa funciona durante la jornada Vespertina, utiliza los mismos recursos pedagógicos, metodología e instalaciones, al igual que la jornada Matutina, es decir, acceso a infraestructura, como laboratorios de informática, ciencias, piscina, canchas deportivas, aulas con tecnología de punta, etc.